История Aion: The Tower of Eternity изобилует войнами между враждующими фракциями. Elyos'ы и Asmodians'ы, люто ненавидящие друг друга тысячелетиями, самозабвенно воюют друг с другом, причем на кону стоят судьбы всех народов. Огромные куски Aion'а, парящие в Abyss'е, разделяющем две части некогда единого мира, служат своеобразным полем боя для воюющих сторон. Игроки попадают сюда через специальные порталы или Врата (причем, даже если они расположены на вражеских территориях) после того, как обретают достаточно опыта в своих «родных» землях.

Фракции постоянно сражаются друг с другом за различные крепости и артефакты в оспариваемых областях Abyss'а. Победившая сторона получает многочисленные бонусы и ресурсы, содержащиеся в захваченной области; кроме того, существует ряд предметов, которые можно купить только у вендоров в данных зонах. Уничтожая противников (других игроков), игроки зарабатывают особые ранги и очки, которые потом тратят на приобретение лучшего снаряжения.

Однако, Elyos'ы и Asmodians'ы сражаются в Abyss'е не только друг с другом. Есть еще и третья сторона — древний враг, Balaur'ы. Ситуация может сложиться так, что в конце битвы игрокам придется сражаться не только с противостоящими игроками, но и с Balaur'ами. А порой Balaur'ы вступают в союз с одной из фракций, помогая ей в борьбе с другой. Кроме того, к бою могут присоединяться и другие беспощадные жители Abyss'а. В этом — суть PvPvE-системы Aion’а.